在各个憧憬展开玫瑰色高中生活的学生之中，折木奉太郎却是一个“灰色的节能主义者”，认为“没必要的事不做，不得不做的事，就尽快解决”。本应没有兴趣参加课外活动的他，却因为姐姐的要求而加入了其学校神山高中的“古籍研究社”。该部今年招揽到奉太郎在内的四名新社员，包括其好友福部里志、不太亲近的旧同学伊原摩耶花、以及好奇心旺盛的千反田爱瑠，成功避过废社危机。然而，众人随即卷入45年前的谜团之中。当年突然被退学的社长，留下了一本社刊《冰菓》，内里竟隐藏着一些引人落泪的讯息……

随之以后，四人在高中的日常中触及不同的谜题。为了满足爱瑠的求知欲，奉太郎不得不为遭遇的事情想出一个合理的解释。时而久之，奉太郎的节能主义不停受到冲击。

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新学年开始，樱丘高中轻音部因原有部员全部毕业离校而无法达到部员4人的最低人数。轻音部新成员只有秋山澪和田井中律。温柔可爱的千金大小姐琴吹?因觉得田井中律及秋山澪的互动很有趣而入社；平泽唯在阴差阳错的情况下把“轻音”当作“轻松的音乐”，又想起小时候玩响板得到老师表扬，所以申请入部。于是，便有了贝斯手秋山澪、吉他手平泽唯、鼓手田井中律及键盘手琴吹?。后来新成员中野梓加入轻音部，成为第二名吉他手。

原作并无特别设定场景，在确定动画化后，负责制作之京都动画虽然将生活圈设定于关东地区，但将许多京都地区景色包含其中：琴吹?平日通学时搭乘电车与候车月台参考自京都市内营运的叡山电铁本线出町柳站与修学院站，主角们上下课的沿路和快餐店则参考京都市左京区北山通和白川通一带，而乐器店和商店街即参考自京都市四条河原町一带的商业区；三年级学生修学旅行当中所出现知名历史文化建筑，如金阁寺、北野天满宫、今宫神社等。主角们就读的樱丘高中，动画版称为樱丘女子高中（桜が丘女子高等学校），以滋贺县犬上郡丰乡町丰乡小学校旧校舍为蓝本；此地因动画播出，成为许多动漫迷圣地巡礼地点之一。