平凡的高中生坂井悠二，在回家的商店街上与忽然出现的少女被卷入非日常的世界。这位少女，“炎发灼眼的讨伐者”夏娜──讨伐干扰世界秩序的红世之徒的火雾战士的一员，告知了悠二他已经是已死的存在。为了保护身为特殊火炬“密斯提斯”的悠二，夏娜与欲针对他的红世之徒展开战斗。

原以为坂井悠二，会是一个怕死的火炬“密斯提斯”，却没想到悠二很关心他人，在校园被红世之徒的猎人法利亚格尼袭击时，夏娜使用了悠二身上的存在之力，因而发现了藏在悠二身上的宝具‘零时迷子’。

往后的日子将会有许许多多的红世魔王跟使徒一一来袭，夏娜的个人观跟感情也因为悠二而受到了影响。

“我愿意成为你的式神，一直在你身边，永远保护你。”

很久以前，年幼的男孩对着女孩定下约定，在他还不知道“将来”的意义之前──

大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而重新建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔，土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，而夜光成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。

但在大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。

土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能可言，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来，将要引领他走向充满曲折的“未来”。