私立开盟学园，通称“SKET团”，以帮助学生适应学园生活、解决委托人的烦恼为宗旨。虽然有着很漂亮的口号，但实际上只是大家口中的杂佣团，不论是寻找失物、打扫清洁，SKET团都是最好的帮手。
社团由无所事事的团长藤崎佑助(Bossun)、曾经是不良少女的鬼冢一爱(姬子)以及情报高手笛吹和义(Switch)三人组成。每回都会接受不同的委托，并且因而接触帮助了更多人，故事就此展开下去。
因为故事和JUMP上的《银魂》相近，而作者篠原健太曾担任空知英秋(《银魂》作者)的助手，常被戏称为“校园版《银魂》”，《银魂》动画第26集神乐称其为"劣质版的《银魂》"。
长篇
原则上故事多为1话完结的短篇故事，但有时也会有连载超过3话的情况。
话剧对决篇
单行本第二集(10~12话)
Sket团和学生会(话剧社)的对决。
不能看的DVD篇
单行本第二集(15~17话)
八木所遗落的DVD是不能看的?带有推理风格的故事。
GVB篇
单行本三集到四集(25~35话)
Sket团和学生会的对决。真人参加用手机游戏为题材的比赛，比赛分为前锋、次锋、中锋、副将和大将五回合战。
SWITCH OFF
单行本第五集(连接回41话，42~44话)
Switch的过去前篇。揭露了Switch之所以不说话的原因。
开盟摇滚祭篇
单行本第六集(49~51话)
Sket团为了激励犹豫出国留学的同学，组乐团的故事。
OGRESS
单行本第七集(连接回56话，57~62话)
姬子的过去篇。揭露姬子过去被称为不良少女“鬼姬”的过去。
玻璃男篇
单行本第八集(69~71话)
Sket团寻找打破玻璃的犯人，却……?带有推理风格的故事。
Happy Birthday
单行本第十集(连接回81话，82~86话)
Bossun过去篇。揭露Bossun乐心助人的原因和身世。
Happy Rebirthday
单行本第十集(87~90话)
时间回到现在，在Bossun生日兼校庆时，又有更大的秘密揭露?
电子情书
单行本第十三集(110~112话)
Bossun透过振藏交了电子笔友，约出来见面，没想到对方竟然是……
椿与浅雏
单行本第十三到十四集(116~119话)
Daisy被不良少年纠缠，知道这件事的椿会如何?
毕业旅行狂诗曲
单行本十五到十六集(132~138话)
Bossun和姬子交换身体?这个旅行会有怎么样的发展?
trouble travel
单行本二十六集(227~232话)
黄金周到了，姬子的朋友小堇邀请姬子到大阪旅行，到底在大阪会发生什么事呢?
Switch ON
单行本二十八集(241~251话)
Switch过去后篇。揭露Switch加入Sket团的原因及Sket团成立的经过。
Last Dance
〔280~285话〕
Sket团最后的工作!开盟学园遇上最大的危机，到底Sket团怎样解决?
番外篇
番外篇-伤心邂逅
收录于第三集。使用浪漫的漫画以作中作的方式呈现的故事。
番外篇-正义侠盗团 准之章
收录于第三集。舞台来到江户时代的忍者风故事。
番外篇-BlSCUIT DANCE~大家都是好朋友之卷
收录于第四集。主角们变成幼童的四格漫画。
番外篇-偶戏DANCE
收录于第五集。主角们变成布偶戏的四格漫画。
番外篇-渡假DANCE
收录于第五集。女性角色穿泳衣在沙滩玩文字接龙的故事。
番外篇-ROCKET DANCE 遭遇
收录于第六集。舞台来到宇宙的科幻风故事。
番外篇-SILENT DANCE 人情巧克力好难送之卷
收录于第七集。描述姬子送巧克力给Bossun的故事。
番外篇-BlSCUIT DANCE 最喜欢老师了之卷
收录于第八集。糟糕泽变成幼稚园老师的故事。
番外篇-“两人好紧张” 夏日热炎炎 心却冷冰冰之卷
收录于第九集。作中作的草稿。
番外篇-BISCUIT DANCE 开心的游艺会之卷
收录于第15集。以极短篇形式呈现。
番外篇-QUEST DANCE 旅程的开始
收录于第17集。主角们在RPG世界中组团准备讨伐魔王。
番外篇-ROBOT DANCE
收录于第22集。舞台来到机械工学发达的太空城市。
上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。
暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。
本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。
学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。
而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。
在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。
本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。
日俄战争结束后的1907年冬天，原隶属陆军第一师团士兵杉元佐一因服役期满退役。受了于1904年（明治37年）战死的同乡战友遗嘱“请治好我妻子的眼睛”之托，故而需要大量金钱的杉元，听闻北海道的河川充满沙金，便只身前往北海道淘金。在淘金时，杉元偶然听闻一起牵涉到约值八亿日圆的黄金劫案。
之后，杉元遭到熊攻击，在击退熊的过程中，结识了阿伊努族少女阿席莉帕，而阿席莉帕的父亲正是死于那起抢案的其中一人。为了探寻父亲身亡的真相，阿席莉帕同意与杉元共同行动：由自战争中生还的杉元负责战斗、因阿伊努信仰而不愿意杀人的阿席莉帕，则运用阿伊努人的智慧负责追踪与野外求生。这特别的二人组就此踏上追寻黄金的险恶之旅。