首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……

性格胆小怯懦的少年早濑浩一，三年前在参观正在建设的海上都市的建筑工地时，遇上了意外事故。当时身受重伤濒死的他，在昏迷了半年后醒来时，成了一个具有暴虐基因的好斗分子，而且身体里还获得了未知的神秘力量……

每集列表

在地球爆发“纳米危机”大部分生态被摧毁后，98%的人类舍弃肉身，将自己人格数据化迁往部署在地月系L1点的太空站“迪瓦（Deva）”的虚拟数据空间中生活。公元2400年一股名为“弗隆提亚·赛格（Frontier Setter）”的力量不断骇入“迪瓦”，并广播寻求自愿参加宇宙移民的成员，“迪瓦”高层认为来源是来自地球地面上，所以派遣特工“安吉拉·巴尔扎克（Angela Balzac）”使用重新生成的肉体素体（Material Body）返回地面。和地面协助人员“丁格（Dingo）”寻找并摧毁其。安吉拉和丁格汇合后，在不断的追寻中发现该力量并非原先所想的简单，并且也改变了对自己所处的世界和地面人的世界的态度……

本作用语

迪瓦（ディーヴァ，Deva）

建立在地月系L1的太空站群内的电脑虚拟世界，由于地球生态被摧毁，98%的人类舍弃肉身将人格数据化后迁往上面生活。高层认为这是人类的乐园，但实际上数据人格所拥有的储存空间依然按照贡献来获得相应份额，如果毫无贡献或者不符合迪瓦准则的人格会被终止并压缩封存。

实际上和边境重设计划是相辅相成又相互对立的人类生存计划，但迪瓦方面已经放弃边境重设的可能性而安于现状，甚至视对方为威胁。

Genesis Ark号（ジェネシスアーク号，Genesis Ark）

边境重设计划中所建造的用于深空人类探索和殖民的远征太空船，全长1200米，由部署在地月系L3点的机器人群建造，而所需的建造管理系统核心和运行反应堆则在地球上建造并由地球遗留的大功率运输火箭运送后完成组装。

边境重设（Frontier Setter）

实际上弗隆提亚·赛格所执行的真实计划，在纳米危机前人类所设立避免灭绝探索可生存空间的计划之一，与建造迪瓦的计划处于竞争关系，其目标是在太空建立远航船对猎户座旋臂内可能适合人类居住的行星进行探索，然而在大部分人类从地表消失后计划被废弃但负责建造的机器人和管理AI仍然在继续执行原定计划，由于资源不足建造太空船的机器人被迫取消了原本可乘坐上百人的维生系统，使得迪瓦上的数据化人类成为唯一可能搭乘的乘客。由于建造管理系统AI认为迪瓦高层不会抱该计划任何可能性而选择直接入侵向市民征集乘客。最终迪瓦的反对和安吉拉的决定，执行计划的AI决定独自离开完成计划。

Arhan（アーハン，声：安济知佳）

迪瓦给派遣人员的机甲武装，收纳时为球形，展开时为近似人形，拥有各种强力武装，但需要保持和迪瓦的数据连线，断线后被形容为只是废铁。

沙虫（サンドワーム）

于沙漠生息的巨型肉食性多足猛兽，威胁等级为B＋，头部是其弱点，其肉可供食用。

素体（マテリアルボディ，Material Body）

即物质的身体，是为在地上真实世界行动用而以人出生时之基因克隆出的身体。于任务完成后，躯体会收到端粒缩短的命令，此后便可将躯体处置。

纳米危机（ナノハザード）

故事中发生在100多年前导致地球生态摧毁的大灾难。

警卫机器人（セントリーロボット，Sentry Robot）

奈米危机发生前之时代使用的警卫机器人。