东京篇
主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)
京都篇
前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)
漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。
追忆篇
故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)
OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。
人诛篇
雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)
番外篇
结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。
第零幕
2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。
北海道篇
2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。
原本是不良少年的朝比奈大吾因为受到恩师落合静香老师的影响而决定从事消防员。
在经过了包括商场火灾、毒气外泄等多次救灾经验后，大吾也随之成长。20岁时为了拯救在苏门答腊研究昆虫、受到森林大火危机的落合老师而独自前往当地，受到当地居民协助后顺利救出落合老师，两人在之后结婚，大吾也随之引退。
七年之后，纽约发生一起地下铁崩塌事故，由于现场状况严峻，便向已经成为传奇消防员的朝比奈大吾求援。
2047年，从地下50,000米的神话层那里发现了金属矿-盖金属。由于盖金属是高纯度的能量金属，便开始被当做新能源在世界各地开采。在2055年，出现了全身覆盖着盖金属的金属生命体“盖斯特(ガイスト)”，开始袭击人类。
为了对抗盖斯特的威胁，人类集结了全世界的科学力量，组建了超国家盖斯特对抗组织“GCG(Gaist Crusher Garrison)”。
故事一开始叙述金属生命体“盖斯特”突然出现于地球肆虐，与其对抗的超国家盖斯特对抗组织GCG却束手无策。GCG拥有与盖斯特战斗用的最强武装，采用外金属制成的“灵装战甲(ガイストギア)”，但却发生了旗下队员无法顺利变身，陷入英雄无用武之地的窘境。
主角-“白银烈火”就读于铁钢中学，个性古道热肠，正义感强烈。为了帮助好友新田建主持公道，他在学校后方的龙神山与天念格斯单挑。两人还未分出胜负之时，就卷入了湖中涌现的盖斯特“铁钢龙神”的作乱，让城镇陷入危机。烈火在偶然的情况下拿起GCG遗落的金属，并做出觉悟后，挺身变身为圣灵破碎者与铁钢龙神战斗，也正式成为圣灵破碎者。
烈火将透过装有名为“盖金属(ガイメタル)”的道具“盖机(ガイフォン)”，穿上特殊的“灵装战甲(ガイストギア)”，为了保卫地球和平与同样装备了盖金属的神秘金属生命体“盖斯特”对战。
剧中有超过100种盖斯特登场，玩家可借由打倒盖斯特取得它们身上的盖金属来创造相同数量的灵装战甲，而电视动画版将展现更多热血帅气战斗场面，除了融合友情与羁绊的感动剧情，还有让人捧腹大笑的儿童卡通搞笑桥段。这便是盖斯特和人类激烈，白热化战争的开始。