新学年开始，樱丘高中轻音部因原有部员全部毕业离校而无法达到部员4人的最低人数。轻音部新成员只有秋山澪和田井中律。温柔可爱的千金大小姐琴吹?因觉得田井中律及秋山澪的互动很有趣而入社；平泽唯在阴差阳错的情况下把“轻音”当作“轻松的音乐”，又想起小时候玩响板得到老师表扬，所以申请入部。于是，便有了贝斯手秋山澪、吉他手平泽唯、鼓手田井中律及键盘手琴吹?。后来新成员中野梓加入轻音部，成为第二名吉他手。

原作并无特别设定场景，在确定动画化后，负责制作之京都动画虽然将生活圈设定于关东地区，但将许多京都地区景色包含其中：琴吹?平日通学时搭乘电车与候车月台参考自京都市内营运的叡山电铁本线出町柳站与修学院站，主角们上下课的沿路和快餐店则参考京都市左京区北山通和白川通一带，而乐器店和商店街即参考自京都市四条河原町一带的商业区；三年级学生修学旅行当中所出现知名历史文化建筑，如金阁寺、北野天满宫、今宫神社等。主角们就读的樱丘高中，动画版称为樱丘女子高中（桜が丘女子高等学校），以滋贺县犬上郡丰乡町丰乡小学校旧校舍为蓝本；此地因动画播出，成为许多动漫迷圣地巡礼地点之一。

被当成掌上明珠抚养的大小姐二阶堂夏步在高中入学时决定离开家里搬到位于东京的“华澄庄”展开独居生活。夏步于搬家当天差点遭遇车祸时被高桥奏所救，并对他一见钟情，但之后夏步才知道奏是小学生的事实。

来自神奈川县横滨市的见习魔女“木幡真琴”是位年仅15岁的少女，为了遵循新人魔女修练的传统，她带着黑猫使魔“千户”来到位于青森县弘前市的表兄妹“圭”和“千夏”家中寄宿，展开充满惊喜的魔女日常。

木幡真琴(篠田南 配音)是一名见习魔女，同时亦是一名十五岁的高中一年级女生。魔女界有一个约定俗成的规矩，那就是在十五岁成人礼之后，魔女们便要走上社会开始独自生活，进行魔女的修行。如此，真琴孤身一人来到了青森县，居住在堂兄仓本圭(菅原慎介 配音)家中，转入了这里的高中，开始了崭新的生活。

在这里，真琴结识了许多善良的朋友们，天真可爱对魔女稍稍有些害怕的仓木千夏(铃木绘里 配音)、家中经营着酒铺的石渡直(三上枝织 配音)、误食了魔法药而在白天会变成狗面的犬养(日野麻里 配音)、和母亲与幽灵雏(金元寿子 配音)一起经营咖啡店的椎名杏子(井口裕香 配音)。在这些朋友们的陪伴下，有笑有泪的剧目拉开了序幕。