上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

童年即为好友的大岛裕树与住吉千里，一同升上了拥有超过6000名学生的“私立高藤学园”二年级，并和以前的朋友木场美冬共同参加了“食品研究部”，虽然这个社团只不过是大家买零食分享，可说是废社中的废社，社团的成员却都很喜欢这样的社团相聚时光。不过危机发生了，最有可能当选下届高藤学园学生自治会会长的东云皋月宣布，要整顿学校中没有实绩的社团，“食品研究部”更是被点名解散。为了避免食品研究部面临解散的危机，食品研究部决定，要在选举中击败东云皋月。 于是，住吉千里将大岛裕树拱上台面参选，阻止食品研究部免解散的危险，社员们积极的投入这次的选战，中途加入并且很少说话流露情感的社员森下未散，也在这过程中改变著。 另一方面，在参选的过程中，认识经济特优生青海衣更与前学生会长毛利夜云，逐步发现学校的问题点。为了社团的存续，以及对于学校问题的改革，裕树决定与社员们一起，认真投入学生会选举。

每集列表

话数	日文标题	中文标题	脚本	分镜	演出	作画监督
第1话	廃部！	废部！	高山克彦	喜多幡彻	唐户光博	立川圣治
第2话	出馬！	出马！			秋田谷典昭 朝木幸彦	森前和也
第3话	戦略！	战略！		高本宣弘	驹屋健一郎	小关雅
第4话	資金！	资金！		堀之内元	铃木芳成	安形佳己
第5话	祭典！	祭典！		金崎贵臣	中智仁	片冈育 平野勇一 岛千藏
第6话	開票！	开票！		后信治		中原清隆
第7话	合宿！	合宿！		堀之内元	安藤贵史	铃木勇 诸石美雪 百濑惠美子
第8话	真実！	真实！		伊藤真朱	岩田义彦	森前和也 古川美树
第9话	事故！	事故！		金崎贵臣	驹屋健一郎	井口真理子 余岛郁枝 谷友子
第10话	錯綜！	错综！		池田隆史	秋田谷典昭 朝木幸彦	立川圣治 中原清隆
第11话	捜索！	搜索！		小林智树	中智仁 野亦则行	片冈育、服部宪知 平野勇一、谷川政辉
第12话	投票！	投票！		堀之内元	安藤贵史	铃木勇、猪股雅美 立川圣治、梅津行则 诸石美雪、森前和也
第13话	恋妹！	恋妹！			仁昌寺义人	立川圣治、猪股雅美

用语

私立高藤学园

作为故事背景，拥有6000多名学生的巨型学园。校门前有两座斜张桥“双子桥(双子桥)”。

原则上禁止打工。

可自由选择通学或是住宿，同时拥有对角需步行十五分钟的广大校地。

S特

“Secret 特务员”的略称，从事类似于间谍的工作。

一边作为学生生活，一边秘密调查学校生活，并向治安部提供情报，令治安社能在发生大事前处理问题，经过一排的训练后，所有S特训练生也会有直属上司。

社团活动

拥有超过100个的同好会或社团，其中也有领了社团补助金但没有实绩的社团。

校地内有“部活栋”，拥有完善的冷暖气设备，还有露天澡堂。

食品研究部

大岛等主角们所属的社团，通称“食研”(ショッケン)。

部活动是用部费零食吃并研究的社团，但在任何人看来都是“以部费买零食吃”而已。

因为被东云列为废部候补所以参与下届自治学生会长竞选。

动画版中，部室中放置了不少希美发明品，也有所谓“食研七誓”(ショッケン七つの誓い)的社团誓言。

FNOS(“腐之巢(腐の巣)”)

简单来说就是“腐女子同好会”。

主要从事BL相关物品的购买、BL CP(配对)讨论的同好会。也有在同人志即卖会上贩卖同人志，但仍被列为部费削减对象(30%)。

FNOS是“Female Nation Of Single”的简称。

惊叹祝祭部

简单来说就是“模型部”。

主要从事模型的收集、制作或贩买的社团。因为制作成品的完成度很高，在模型界中拥有一定人气。虽然说有参与些活动并贩卖由社团制作的模型，但仍被列为部费削减对象(50%)。

新闻性社团

ASP

正式名称为“Anti Suppression Paper”。

暴露了治安部秘密处理的大泽事件，热烈讨论著“学员问题”等等的新闻部。由于自治委员会也忌讳著，而传出可能会被废部的谣言。

第一新闻部

正式名称为“高藤学园第一新闻部”。高藤学园代表性的新闻性社团，报导内容多样化。

マス研

正式名称为“マスコミ(Mass communication)研究部”。校内知名度仅次于第一新闻部的新闻性社团。

FPR18

新闻性社团之一，正式名称为“Free PaperR18”。主要报导八卦谣言等内容。

SMC

新闻性社团之一，正式名称为“Super Morning Club”。主要报导意识形态等内容。

リポ研

新闻性社团之一，正式名称为“リポーター技術研究部”。

NUY

新闻性社团之一。因为主要内容枯燥，缺乏有趣内容。

其他社团

空气相扑部

想像面前有对手并进行相扑的社团。因将大量社费花费于相扑火锅而被东云皋月说“空气的相扑火锅也可以”。

犬锅研究部

字面上容易被误会是韩国的补身汤，实际上是类似于猫锅。

但是部活动原则上禁止宠物进入，活动主旨则改成“制作让大型犬也进得去的锅子”部，但锅子的制作费被认为是不必要花费而被列为部费削减对象(50%)。

偶像研究部

发行“高藤美少女100选”的社团。

数年前“高藤美少女TOP10”的企划仍在实行时，遭到校内女学生们的反对而被自治委员会通告要求废除，而现任部长则为了要恢复社团而努力。

空气山岳部

仅在动画版出现。

一个人想像在山中登山的社团。

但是由于不透明的活动过多，同时也怀疑有善用部费，财务部数度要求提出部费明细但过了半年仍没有回应而被列为废部对象。

臭氧层破洞观察会(オゾンホール覗こう会)

仅在动画版出现。

实际活动不明、部费运用不明，同时因为部员人数暴增而要求增加部费的疑点，对于财务部的调查也处于不合作的恶劣态度而被列为废部对象。

就读水明艺术大学附属高中（通称水高）的神田空太，一年级夏天时在宿舍偷养弃猫而被校长叫去问话，并要他把猫赶走，不然就被迫搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，因为反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到学生口中“恶名昭彰”的“樱花庄”，开始了他与其他房客的生活。隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，空太开始过着被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。

用语

樱花庄（さくら荘（さくらそう））

本作故事的主要舞台。两层高的古老木制公寓。最初是作为一个能让水高学生的美术与音乐才能得到伸展的自由开放的地方而建立，但由于有许多在普通宿舍里出现生活问题而被赶出来的学生居住于此，故“樱花庄”也被称为“问题儿童的老巢”（問題児の巣窟）。庭院种植有樱桃树。由于樱花庄未设立宿舍护理员，故所有住户必须自行整理家务，每个月还需强制参加校外清洁。

在空太就读高二时，学校理事会曾因“抗震问题”为缘由提出拆迁樱花庄的决定。对此樱花庄的所有住户多次举行抗议活动（包括学生联署）但效果甚微，最后，仁和美咲利用毕业典礼的演讲时间进行全校动员，最终化解危机。但随着伊织等人的毕业，樱花庄依旧被予以拆除。

水明艺术大学附属高中（水明芸術大学附属高等学校（すいめいげいじゅつだいがくふぞくこうとうがっこう））

简称“水高”（「スイコー」），本作故事的次要舞台。分为普通以及艺术两种学科。艺术学科下分美术以及音乐科。空太、七海、龙之介与仁（于第六集毕业前）是就读普通科，真白、美咲则是就读美术科。虽然艺术学科的单学年总人数仅有20人，但由于菁英化的培养制度，而吸引全国各地的学生报考。

水明艺术大学（水明芸術大学（すいめいげいじゅつだいがく））

拥有艺术相关学科的大学，在水高的旁边，教育设施丰富。

每集列表

话数	日文标题	中文标题	剧本	分镜	演出	作画监督	改编
#01	ねこ・しろ・ましろ	猫‧白‧真白	冈田麿里	石冢敦子		藤井昌宏	第1卷
#02	絵を描いてきたの	都在画画		铃木薰		富冈宽、矢向宏志 户田麻衣、藤部生马
#03	近すぎて遠い…	近在咫尺却又遥不可及…	鸭志田一	神户守	高岛大辅	桥口隼人、小林亮 糸井惠、儿玉亮 馆崎大
#04	色を変える世界	色彩改变的世界	冈田麿里	樱美胜志		熊谷胜弘、大木良一 直谷隆
#05	さくら荘のまじめな彼女	樱花庄认真的女孩	志茂文彦	樱美胜志	池端隆史	佐佐木睦美、桥口隼人 馆崎大、千叶充 谷口元浩	第2卷
#06	雨あがりの青	雨过天青	伊藤美智子	铃木薰 石冢敦子		森下省吾、樱井木乃实 富冈宽、冷水由纪绘 千叶充、馆崎大 藤部生马、中西保
#07	彼女のきょうしゅう	少女的强袭	鸭志田一	高柳滋仁	池田重隆	金容植 小山知洋、山崎淳	动画原创 部分第5卷
#08	どでかい花火をあげてみろ	来放个超大烟火吧	花田十辉	石冢敦子 宫浦栗生	池端隆史	藤部生马、正幸 矢向宏志、直谷隆	第2卷
#09	秋の嵐がやってきた	秋天暴风雨来袭	志茂文彦	二瓶勇一	佐藤真人	渡边亚彩美	第3卷
#10	キライキライ、ダイスキ	讨厌讨厌、最喜欢了		细川秀树		冷水由纪绘、富冈宽 矢向宏志、齐藤美香 馆崎大、正幸
#11	銀河猫にゃぼろん	银河猫喵波隆		佐山圣子	高岛大辅	吉田尚人、中村真悟 桥口隼人、儿玉亮 直谷隆	第4卷
#12	愛のパワーin文化祭	爱的力量in校庆	冈田麿里	宍户淳	池端隆史	直谷隆、大木良一 矢向宏志、儿玉亮 佐藤诚之
#13	冬の一歩手前で	冬天到来之前	伊藤美智子	玉川真人	稻本隆史	佐佐木睦美
#14	イヴの窓辺とそれぞれの灯り	圣诞夜的窗边与各自的灯光	花田十辉	佐山圣子	池田重隆	小关雅
#15	いつもの自分はどこにいる？	一如往常的自己在哪里？	小柳启伍	宫浦栗生	柴田彰久	村上雄、正幸 藤部生马、儿玉亮 谷口元浩	第5卷
#16	ずっと、好きでした……	一直，喜欢你	伊藤美智子	二瓶勇一	黑川智之	佐佐木睦美 堤谷典子
#17	バレンタインはチョコの日よ	情人节是巧克力的日子	冈田麿里	玉川真人	池端隆史	中村真悟、熊谷胜弘 千叶充、馆崎大 直谷隆
#18	宇宙人に初恋	外星人的初恋	鸭志田一	佐藤真人		大木良一、小渊阳介 矢向宏志、冷水由纪绘 正幸、富冈宽
#19	住めば都のさくら荘	久居则安的樱花庄	志茂文彦	佐山圣子	稻本隆史	渡边亚彩美	第5.5卷
#20	この先もただいまを言うために	为了以后也能说我回来了		宫浦栗生	池端隆史	大木良一、中村慎吾 藤部生马、三木达也 直谷隆	第6卷
#21	誰のせいでもなく雨は降る	下雨并不是任何人的错	小柳启伍	细川秀树	高岛大辅	千叶充、直谷隆 藤部生马、诸石康太 村上雄、大木良一
#22	きらめく日々を駆け抜けろ	跑过光辉璀璨的日子	鸭志田一	佐山圣子	黑川智之	堤谷典子、渡边亚彩美 佐佐木睦美、田村正文
#23	卒業式	毕业典礼	冈田麿里	石冢敦子	池端隆史	大木良一、宫本佐和子 谷口元浩、儿玉亮 藤部生马、熊谷胜弘 千叶充、矢向宏志
#24	さくら荘へようこそ	欢迎来到樱花庄			宫浦栗生	直谷隆、村上雄 千叶充	部分第6、7卷 动画原创