十四岁不良少年浦饭幽助，为救一个小孩被汽车撞死。由于他的死亡是预计之外，灵界没有他的容身之所，因此他得到一个重生的机会。经过灵界考验，幽助重回自己身体，并成为“灵界侦探”。一次任务中，幽助结识了妖怪藏马和飞影。他们三个加上死党桑原和真，替灵界解决不少案子。
其后更在“暗黑武术大会”中，一路击败众多强敌获得冠军，他们实力和友情与日俱增。为阻止意图打开魔界通道的前任灵界侦探仙水忍，幽助他们进入了魔界，战斗中幽助被仙水所杀害。但原来幽助是魔族的后代，具有第二颗心脏，因此又再复活为魔族。在魔族父亲雷禅插手“附身”下，幽助打败了仙水，事后众人亦回到人间。
幽助四人和仙水的决战，惊动魔界三国国王：雷禅、黄泉和躯。他们各自向幽助、藏马及飞影发出邀请，希望他们加入自己阵营。幽助不满雷禅打断他和仙水的决战，因此要去找他“算账”。藏马则因多年前的恩怨，加上人间界“父母”及“弟弟”被劫持，不得不接受黄泉的邀请。飞影为获得更多战斗经验，亦接受了躯的邀请。他们三人都再次进入魔界，不到一年便成为各国的次强者。
一年后雷禅因爱拒绝食人而饿死，幽助成了国王，并提议举行“魔界统一战”，胜利者可成为魔界统治者。最后雷禅昔日打架朋友“烟鬼”获胜，他订立了“不准干扰人间界”规定，希望每三年举行一次比赛。最后，幽助和藏马回到了人间界，飞影则继续留在魔界。
设定
故事中除了“人界”以外，另有“灵界”和“魔界”。灵界是人类死去后灵魂会前往的地方，而魔界则是妖怪居住的地方。
相对于妖怪的“妖力”，有天分并经过训练的人类可以发出“灵力”，并用于战斗中与之抗衡。
妖怪实力等级之分是S>A>B>C>D>E
同一级也有分为上中下的等级。例如暗黑武术大会后，飞影得知户愚吕(弟)妖力是B级上等，而自己则是B级中等。
魔界洞穴篇中，身为人类的仙水忍拥有与S级妖怪同等的实力。剧中提到目睹幽助被杀后的藏马、飞影及桑原皆提升到A级，但三人合力依然无法伤到仙水。随后幽助因魔族大隔世复活且觉醒了S级妖力，能与仙水打成平手。
9人的灵界特防队合力能制服A级妖怪，而小阎王的魔封环能封印S级妖怪。但在深不可测的魔界，灵界只能控制第一层的一半，因此在魔界与人界之间布下一道令A级或以上的妖怪无法通过的结界，仅有B级或以下的妖怪能透过空间扭曲的大小来往人界。
S级只是灵界对于妖力强大到足以令其束手无策的妖怪所给予的统称。魔界广大深远，即使同为S级妖怪，彼此之间实力也可能会有天壤之别，例如魔界三强的国王妖力皆达一百万以上，但各自阵营的次强者皆只有数十万;或雷禅仅是操控幽助，也能轻松杀死同样拥有S级实力的仙水。
那扇门没人知道它“何时、何地、以何种形式”存在著那扇门，从未有人“看过、接触过、到达过”。然而当“门”打开时，人类居住的“常界”、妖精居住的“天界”、魔物居住的“魔界”将彼此交融，世界的秩序将会被破坏殆尽。人们仅仅因敬畏而如此称呼这道门“Divine Gate”。
三个世界的人们所描绘的理想乡就如同多彩的马赛克一般错综复杂，始终无法统合为一种色彩。三个世界的支配层为打破如此混乱而结成“世界评议会”，将交会的三个世界总称为“统合世界”，为夺回秩序而四处奔走。而世界逐渐回平稳，而“Divine Gate”则成为谁都不知道其真相的都市传说。
同时观察著“统合世界”的两个上位世界“神界”与“龙界”也在遥远的彼方守护著他们的未来。一方面有著以世界评议会为名义而集结的少年少女们，他们知悉“Divine Gate”的存在，而人们则称呼拥有如此能力的人为“适合者”。然而以“Divine Gate”为目标的人迄今没有一个曾经回来过。
即便如此“适合者”们也纷纷以门为目标。他们怀抱著心灵的伤痛，相信著在那前方有著能达成到达者心愿的神圣力量。相信著到达门的人能够“重置”世界，少年少女们迈出步伐，为了知晓那一切真相。
第一章‘黄昏审判’(第一章『黄昏の審判』)
来自世界评议会的公告：黄昏审判结束的话，统合世界得救了。但是开启门扉的少年少女，以及背叛世界的道化龙现在仍在逃亡中。一旦发现，格杀勿论。那是新生世界评议会魔界代表所宣读的信件，圣战的序章。失去重要部下的龙王后悔地说。和共同战斗的湖妖精告别，带著成为罪人的少女前往龙界。而后当龙界代表从新生世界评议会的会议归来之时，全新的故事将会开始。
第二章‘完全落日/黄金黎明’(第二章『完全なる落日/黄金の夜明け』)
魔导书教团教祖想追求“完全世界”的思念。在魔法书教团里，存在著一位无名的教团团员她的真实身分为真教祖。从教团建立时起便设计好的计画。每次都会再创造出虚假的教主。推荐函上，被写上了马瑟斯这个名字。
第三章‘巨大的“希望”=“绝望”’(第三章『大いなる「希望」=「絶望」』)
保持著平稳的统合世界响起了不协和的声音。与诸神一同消失的圣神亚瑟。无法接受眼前现实的、失去了名为王的希望的子民们。最后被遗留在那里的是巨大的绝望。
第四章‘圣战’(第四章『聖戦』)
过去神与龙曾发生过纷争。天界与魔界也发生了相似的纷争。然而一切都随著神圣之门关上而落幕。而现在神圣之门再度开启了。
第五章‘伪王’(第五章『偽りの王』)
六圣人齐聚一堂讨论世界的均衡。人们将众神居住的地方称为神界。然而，所谓的神究竟是具备何种意义的存在。历经数度重演的历史，当那段历史开始的时候，就必定会有诸神的存在。那在圣历这个时代也毫无例外。
第六章 ‘世界的决定’(第六章『世界の決定』)
第七章‘前往门的彼端’(第七章『扉の先へ』)
终幕(『エピローグ』)
日本关东地区一个小村庄中，一名少年在上山采松茸时被熊袭击。被带回家中时奄奄一息，不久后便断气。少年死后不久，其兄长、朋友和村民不断高烧，长满红疹因全身溃烂而死。随后，疫情很快蔓延开来，从邻村传染到邻村，接着传遍关东向关西蔓延。而且，只有年轻男子患病。
该病症状类似天花，所以又被称为“赤面痘疮”。因完全找不到治疗方法，便被当成一种可怕的常见疾病，在国家中生根。八十年后，男性人口锐减至女性的四分之一，再加上男婴存活率低下的原因，男性被视为传宗接代的宝贝，所有劳动粗活均由女性一手包办，而家业也由母亲传给女儿。
江户城中亦未能幸免，3代将军家光之后，将军一位也由女性继承。而大奥，便成为女性止步、坐拥三千美男的将军私人后宫。
吉宗篇
贫穷武士家的长子，水野祐之进，喜欢青梅竹马的药材批发商的继承人阿信，但因身份地位的不同而不能结合，故决定进入大奥谋份差事。水野进入大奥后不久，年仅七岁的第七代将军家继去世，纪州德川吉宗继任为八代将军。吉宗上任后迅速罢免了先代将军的所有侧用人，推行简朴节约的政治主张。
水野被御年寄藤波提升为御中腊。在八代将军第一次踏入大奥的早礼上，水野如藤波所料的被吉宗看上，被定为将军的“内证之方”。而“内证之方”因被认为是伤害将军处子之身的大罪人，因此会在侍寝完毕的十日后秘密处以斩刑。吉宗在知道水野即将处死以及其有心上人的事实后，在处决执行当天使计将水野救出并让其离开大奥。
吉宗在继任将军一位之前，即对“女性拥有‘男名’和‘女名’两个名字并在继承家业时使用‘男名’”一事抱有疑问，故访问了自三代将军家光时便在大奥中担任御右笔主笔村濑，自此揭开由女将军继承之秘。
社会风俗
吉宗时代
男性被视为传宗接代的宝贝，所有劳动粗活都由女性一手包办。家业也是由母传女。
贫穷女子没有钱供养丈夫，只能到花街买春借种。
招赘成了武士、富商、村长等权贵才能享有的特权。
继承家业的女性在继承时必须另取男名担任公职。
家济时代 ~ 明治维新
初年因家济之母德川治济为免自己承担生育之苦，把儿子立为男将军，大奥再次逆转为女性的后宫，子嗣多达50人以上，男性只能在中奥工作，但执政大权仍在将军母亲治济及女性官僚手上。同时因德川治济排斥非自己人，毒药暗杀不断，一度盛行的兰学(荷兰传入西方学术知识，包括医学)遭到禁止，子嗣死亡率多达一半。
因十一代家济男将军幼年时受田沼的仁政推行得益免疫赤面疱疮及对西方知识深感兴趣，也希望其众多孩子及国民能免受赤面疱疮痛苦，提升男性劳动人口，以求未来解除锁国政策及对抗外国势力;成年后极力排除母亲治济干政，重新寻回昔日被被赶出大奥的西医们，并得知他们仍保留西方医学书籍及技术，参考牛痘接种免疫天花的个案，在民间秘密寻到赤面庖疮的源头(野生红熊抓伤人类后传染)及根治方法--熊痘接种后，以强硬手段排除所有保守派政敌，不昔接种死亡个案及幕府财政赤字，仍在各地建立熊牧场及接种疫所，强制全国男性接种，令赤面疱疮止息。
全国男女地位也因男性劳动人口上升，鼓励婚姻生育和男性继承权下，再次逆转，逐渐回归三代将军之前的父权社会，官僚也渐渐改由男性担任。
西方学术书籍引入政府及民间学堂，医师也因熊痘接种的成功开始积极学习西医技术。直至明治维新，解除锁国政策后，不少年青人也前往西方学习。
晚年时期，因考虑到身为男将军的自己和长子(十二代家庆将军)生育过多子女，造成财务困难，把孙女祥子立为十三代家定将军，以减少生育率，并接纳女性官僚为孙女的辅助，大奥回归三代家光将军(千惠)时期的男女共治，直至明治维新。
为免外国势力窥探到男性人数曾经大幅减少、军力弱势的真相，家济将军下令把赤面庖疮和女性执政的历史封存，仅留民间传言。因历代将军皆拥有男性名字，天璋院(家定将军/祥子的正室丈夫)的照片也以替身代为拍摄，后世也遗忘男女逆转时代的大奥。
家光时代
直到江户初期，日本的男女结构比例都很正常。但从家光时代开始，随着赤面痘疮的蔓延男性锐减，女性开始从事农活、耕种土地。
一个家庭中有一个儿子平安成年已是侥幸，不光是平民百姓家，各大名也为没有继承人而烦恼。幕府决定借这个机会来瓦解各个大名的威胁。
大奥内官职
御目见以上
御目见以上细分为上腊御年寄、御年寄、御客应答、中年寄、御中腊、御小姓、御锭口等等。具有配刀资格。
御中腊
负责照料将军和御台所的一切事物，而能蒙受将军临幸的御中腊则称为“御手付”，很有可能被选为侧室夫人。
有专属的房间和随从，随从将他们视为房间的主人，因此又尊称其为“主子”。
在吉宗篇中，除了新晋升的水野外，还有花房、松岛、柏木、铃木、白河、真行寺、濑川七名御中腊。
没有年龄限制，但都是出身高尚、品行纯良的年轻男子。
表使
负责采购所有大奥需要的日用品。
御锭口
负责看守表御殿 和大奥边境值勤室。
御目见以下
御三间
御目见以下的最高阶级，只有旗本以上的子弟才有资格担任。工作内容为打扫御目见以上的居所并照料他们的生活琐事。
吴服间
负责大奥所需的全部衣物。
御半下
负责打杂和跑腿。是御目见以下的最低阶级，虽然地位很低但都是富商子弟。
其他
御用取次
吉宗废除侧用人后，新设立的官职。
内证之方
第一个服侍未婚将军的男子，除了在将军初夜担任引导之职，同时还是伤害将军处子之身的罪人。在侍寝完毕的十日后，会被私下处以斩刑。是第三代将军家光公(千惠)制订的大奥律法，源自她在未婚前惨遭强暴的经历。
御右笔
负责所有大奥往来文书。