故事以来自月球苏菲亚王国的公主菲娜·法姆·阿修莱特为中心。菲娜为了能够学习更多关于地球的知识，给继任苏菲亚王国的王位作准备，来到地球留学，并寄宿在主角家中。

彼时，人类早已经开始向月球移居，然而，移居到月球上的人类，和留在地球上的人类之间产生了无法调解的矛盾最终爆发了激烈的战争，最终，在月球上生活的人类同地球彻底划清了界限，建立的自己的国家，两颗星球之间完全属于断联的状态。

一晃眼几百年过去，月球和地球之间的关系好不容易得到了缓和，两者之间建立了“满弦崎中央联络港市”作为联络的渠道。朝雾达哉（千叶进步 配音）是一名平凡的青年，就读于满弦崎大学附属的卡特琳娜学院，达哉自幼失去了父亲，和姐姐沙也加（本山美奈 配音）、妹妹麻衣（安玖深音 配音）一起过着相依为命的生活。一天，沙也加告诉达哉，月球的公主要来地球拜访，而他们的家则成为了公主的暂住地。

游戏

游戏本传共有六名可攻略女角色，PS2版本传追加为八名可攻略女角色。

玩家刚开始游戏时，仅有菲娜剧情线处于开启状态，通关后始可攻略米亚、麻衣、菜月、沙耶香（PS2版追加远山翠和艾斯蒂尔）的剧情线，完成前述女角色剧情线后，开启莉斯莉特剧情线。所有女角色剧情线通关后，将开启名为“夜明前的琉璃色”的真结局剧情线，该剧情线亦为菲娜的第二条剧情线。

堇川奈奈子（雪野五月 配音）是一名十三岁的天才作家，某日，她来到中国香港参加签售会，却意外遇到了恐怖袭击活动，在导游米歇尔（菊地祥子 配音）和玛姬（平田宏美 配音）的保护下，奈奈子幸运的捡回了一条命。

然而，事件并没有就此结束，奈奈子一行人发现，这场看似偶然的恐怖袭击活动，竟然是针对奈奈子而来。与此同时，奈奈子亦收到了恐吓信，信中人预言将攻击奈奈子的签售会现场，誓要让奈奈子魂断中国香港。米歇尔、玛姬和她们的妹妹阿尼（斋藤千和 配音）成为了奈奈子的保护者，在保护奈奈子的同时，三人亦要查出谁才是幕后真凶，以及他们的真实目的究竟为何。

比现代稍微未来一些。伟人军团“人类淘汰作战”事件发生数年后。中国香港某条街上有一家侦探事务所。其名为“三姐妹侦探社”。在那里的三个姐妹为了解决与书有关的事件而日夜活动着。她们的名字是阿妮达、玛姬和米雪儿。除了无比喜欢书的长女米雪儿、次女玛姬之外，连最讨厌书的末妹阿妮达，实际上都拥有“纸使”的特殊能力。降临到她们身上的事件是……？
每集列表

本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。