在未来，人工智能和仿生人技术发展迅猛，仿生人基本和人类一致，也得到和人类一样的人权，人类也可以植入电子器件来增强自己的机能。仿生人也和人类一样，有生老病死、七情六欲，而人类的植入物也会有故障而影响植入者。本作以须堂新医院为核心，讲述这些病例背后的故事。

平凡的高中生坂井悠二，在回家的商店街上与忽然出现的少女被卷入非日常的世界。这位少女，“炎发灼眼的讨伐者”夏娜──讨伐干扰世界秩序的红世之徒的火雾战士的一员，告知了悠二他已经是已死的存在。为了保护身为特殊火炬“密斯提斯”的悠二，夏娜与欲针对他的红世之徒展开战斗。

原以为坂井悠二，会是一个怕死的火炬“密斯提斯”，却没想到悠二很关心他人，在校园被红世之徒的猎人法利亚格尼袭击时，夏娜使用了悠二身上的存在之力，因而发现了藏在悠二身上的宝具‘零时迷子’。

往后的日子将会有许许多多的红世魔王跟使徒一一来袭，夏娜的个人观跟感情也因为悠二而受到了影响。

在不知什么时候，整个世界被突如其来的未知病毒攻袭，几乎彻底毁灭。但是只有13岁以下的孩子不被病毒所感染，侥幸活了下来。可是这些孩子们却被从地底出现的吸血鬼所统治，并作为提供血液的家畜饲养。故事的主人公——百夜优一郎和百夜米迦尔就是被抓住的孤儿们之一，而面对不堪的命运，他们没有屈服，开始计划逃亡与复仇……

前传小说描述本传8年前，百夜优一郎的上司一濑红莲还是高中生时(故事时间5岁、15岁─16岁)，在同一所学校所发生的故事。那时世界还没毁灭，咒术师集团“帝月”、“帝鬼”旗下小孩们成长阶段相遇、相交，与百夜教交缠不断的孽缘。主角一濑红莲十五岁，涉谷第一高中入学.....