有着各种不同种族的的神秘世界ミスタルシア。由于想要征服世界的魔族侵略派的侵略行为而到处发生着战争，而人类、天界、魔族稳健派为了防止侵略派的世界征服而一起在世界各地战斗着。由此世界变成了由天界、人类、魔界及在暗处活动的“混沌之暗”同在的混沌模样。
在大陆上有这么一个传说，以前存在过拥有高魔法技术、并由此技术将大岛浮上天的超级大国“天上人”，而它现在留下来的只有各地的浮游城，而它以魔偶技术为首的魔法技术则沉睡于大陆各地。
故事发生在一个人魔神三个种族混杂的世界。两千年前，有着银黑色翅膀的恶龙巴哈姆特为这个世界带来濒临灭绝的危机。当时三个种族跨越隔阂通力合作，牺牲无数生命才把巴哈姆特封印。在恶魔与神族担当终极一击的主导下，封印的关键钥匙被一分为二，被两边分别掌握。接下来，世界经历二千多年的和平日子，但不知从何时开始，人类开始视巴哈姆特为至高无上的唯一存在，而恶魔与神族之间的战争亦没有停止。某日，某位少女夺走由神掌握的封印钥匙，世界的平衡于是开始被破坏。巴哈姆特的复活与咆啸，再度把世界卷入绝望的深渊
《薄樱鬼》是以日本幕末时期的史实为背景改编的故事，作为奇谭的本作以独自的新要素为中心描述，因此会有和史实不一致的地方。
故事开端是幕末文久三年。
主人公雪村千鹤是在江户生长的兰学医（西方医学）之女。其父纲道因工作而离开江户前往京都。一开始千鹤与父亲有定期的书信往来，但很突然的，父亲不再来信，而自己写的信也得不到回应。千鹤因担心父亲而穿上男装来到京都，却没想到在那里遭遇到了冲击性的场面，并且与新选组的各位邂逅，一起寻找父亲的下落。
围绕着她的是与新选组的队士之间发生的事、自己的身世、新选组隐藏着的秘密，以及幕末的男子为了生存的战斗历程。
开端
花垣武道看到前女友橘日向及其弟直人卷入“东京卍会（东卍）”斗争丧命的新闻，接着他因事故穿越回中二时，他借机告诉直人未来之事，谁知讲完话后双方握手，武道就回到现代，而原应死亡的直人成为刑警出现。直人拜托武道回2005年，阻止使东卍从暴走族壮大为黑帮的“佐野万次郎”与“稀咲铁太”相遇以拯救日向。武道再穿越，认识了东卍总长万次郎与二把手龙宫寺坚，他发现两人都非恶人，与后来无恶不作的东卍迥异，遂回现代寻找线索得知龙宫寺当年死于东卍内斗。
8.3斗争
武道至2005年，此时东卍为了复仇与“爱美爱主”开战，虽胜利告终，也有一成员自首，万次郎与龙宫寺却因此龃龉。虽然在武道干涉下两人和好，但想趁机生事的爱美爱主余党及东卍叛徒，仍在8月3日袭击龙宫寺，不过龙宫寺因武道等人的努力而获救。回到现代历史已变，日向也存活，但没多久日向又因东卍策划的车祸死亡。武道后来得知龙宫寺成为死刑犯，而一切恶行皆是稀咲指使。
血之万圣节
武道至过去碰上“芭流霸罗”下战帖，东卍为添势力任命原爱美爱主的稀咲为参番队队长。壹番队队长场地圭介叛变至芭流霸罗，副队长松野千冬向武道表示，场地是去卧底找寻稀咲为幕后黑手之证据。武道因穿越得知此次大战：东卍旧成员羽宫一虎将刺杀场地，万次郎会打死一虎，稀咲则藉善后之机掌权。2005年10月31日，他力阻命案发生，最终场地仍身亡，但一虎未死。尔后武道成为壹番队队长，他再回现代已成东卍高级干部。总长代理稀咲指武道、千冬为内鬼，枪决千冬，武道被一虎救走。武道发现东卍因稀咲与原黑龙组的加入导致变质，甚至过去的自己竟遭稀咲利用谋杀日向，他再度穿越至2005年。
圣夜决战
武道发现要退出东卍的柴八戒，就是将杀死其兄黑龙总长柴大寿并带黑龙加入东卍者。他对千冬坦白穿越一事，而对八戒欲弑兄以救被家暴的姐姐柚叶，他们碍于跟黑龙之和平协议，只能私下阻止。2005年12月25日，稀咲与半间假意帮助实则作梗，使武道等人与黑龙起冲突，真正的行刺者柚叶趁机下手未遂，最后万次郎到场摆平大寿。黑龙认输，继承者干、九井宣布加入东卍，稀咲终于因怂恿柚叶行刺被除名。新年后武道回到现代，却发现不单日向车祸死亡，东卍成员也陆续遇害，而嫌犯竟是万次郎。万次郎要武道杀了他，两人僵持中直人从旁击毙万次郎。武道再度穿越至过去。
关东事变
2006年初横滨的帮派“天竺”攻击东卍，武道听闻他在天竺的友人鹤蝶说总长黑川伊佐那被稀咲利用。武道回现代找寻情报时巧遇柴大寿，他对武道和直人说明当年“关东事变”的结局为天竺与东卍抗争后合并，总长为万次郎，其之下是稀咲、伊佐那，之后东卍成了犯罪集团。谈话间东卍人马现身要抓武道与直人，两人遭枪击，武道与重伤的直人握手后穿越。定于初代黑龙成立之日的2月22日当晚一决胜负，另一边稀咲却对艾玛痛下杀手，此等不幸使万次郎、龙宫寺斗志全失，再加上之前东卍两名队长遭偷袭受伤、伍番队叛离，其他人本不欲应战，但经过武道和千冬的激励，众人昂然赴会。日向对万次郎与龙宫寺揭露武道穿越一事后，三人便至决斗现场，最终伊佐那于打斗中输给了万次郎，并且为救鹤蝶而被稀咲枪杀身亡，稀咲则遭遇车祸而死。
故事背景为接近欧洲18世纪风情的奇耶萨尔西玛大陆，主角是一位青年魔术士欧菲，原名基利拉修罗。奇利男谢洛为了拯救对他而言有如姐姐般的阿莎莉，而展开冒险旅程。阿莎莉为了寻求更高强的魔力，而使用了天人的遗产——巴鲁多安德鲁斯之剑；结果这把剑的魔力让阿莎莉变成了龙一样的怪物，通称“血色八月”（Bloody August）。奇利男谢洛对于牙之塔（阿莎莉和奇利男谢洛原本所属的魔术士养成学校，也是大陆魔术士同盟的总部）在事件过后只想维护名声而不是想办法挽救阿莎莉的态度感到失望，于是舍弃了他原来的名字，改名为欧菲，并离开牙之塔，开始寻找让阿莎莉复原的方法。
从前，在那个人们还憧憬著宇宙、满怀着拓荒者精神的时代，世界各国在太阳系的各个行星建立了都市。大多数的人们都过了和平安乐的日子。本作的故事就发生在这些行星中的火星。 在这个全国都市散布星球表面的火星上，以新的日本都道府县“第4东京都”为舞台，由年轻的高中生上班族们所演出的青春故事即将展开。