第01话 SYMPTOM 变异
膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。为了拯救和百合子得相同病的孩子，膝丸灯决定接受人体改造，前往火星，获取A.E病毒的样本，和伙伴们一同对抗外星物种。
第02话 DEPARTURE 出战
A·E病毒在地球流行起来，U-NASA决定在病毒流行前制作出疫苗，大型宇宙舰ANNEX1号背负着拯救人类的使命驶向火星。希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…
第03话 TO MARS 前往灾星
火星蟑螂袭击ANNEX1号，破坏舰员们用来增强体质的药物。舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。小町和米歇尔及其他同盟国干部合力抵抗，杀死舰上的所有蟑螂。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。
第04话 WAR 全面战争
小町带领马尔克斯和庆次，准备活捉一只落单的蟑螂，没想到蟑螂使用调虎离山之计，趁小町离开袭击飞船。关键时刻，希拉用手枪制服并活捉蟑螂，却被蟑螂喷射出的超高温气体杀害。小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？
第05话 EXCEPTIONAL TWO 奇迹之子
马尔克斯得到白额高脚蛛的能力，为了给希拉报仇，他到处虐杀蟑螂。马尔克斯体力不支，关键时刻小町出手相助。米歇尔是BUGS2号舰长多纳特洛的独生女，她的子弹蚁能力遗传自父亲，爆炸蚂能力则通过后天的MO手术获得，拥有两种能力的她无疑是地球的最强战力。灯一直没忘记来火星的目的，他活捉蟑螂，希望能尽快研制出疫苗。
第06话 2 MINUTES 2分钟
阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？
第07话 CRAB 猛士
米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。北欧第三班同样被蟑螂袭击，班长阿西莫夫的女儿感染由“火星异种”起的未知病毒，危在旦夕。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。
第08话 DER ZITTERAAL 电击生物
幼年时无依无靠的阿道夫被军队收留成为M.O手术的实验体，阿道夫受尽折磨，变得不人不鬼，最终获得了电鳗的能力。阿道夫虽然可以去上学，但要接受严密监视和身体检查。在这种情况下，一位名叫罗莎的女人闯入他的生活，并成为他的妻子。某日阿道夫意外发现罗莎出轨，就连孩子也非他亲生，面对如此事实，阿道夫该何去何从……
第09话 TOO SAD TO DIE 雷雨中的一粒
阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。
第10话 DESIRE 愿望
阿道夫使用落雷并未杀死蟑螂领袖，队员们都被捕获，仅剩伊娃和阿道夫两人。伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。由于阿道夫的心脏停止时间过长而引发了他体内的自爆装置，最终全员都自愿死在了爆炸中。
第11话 BOXER 拳击手
庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。
第12话 SHOOTING STAR 轨道与无轨道
小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。
第13话 TERRA FOR MARS 彼处与此处
一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……
被赶出孤儿院，濒临饿死的青年·中岛敦所遇到的奇怪男人们——。
光天化日之下忙于跳水自杀，有着自杀嗜好的男人·太宰治。
神经质地翻看着笔记本的眼镜男·国木田独步。
他们，是传闻中将那些军队和警察无法介入的事件解决的“武装侦探社”的职员。
敦在鬼使神差之下被他们要求一同前去惩治扰乱街市的“食人虎”……。
架空的都市·横滨。登场者是，拥有文豪之名的人们。与这些名字相称的异形之力，迸发出火花。
千奇百怪的文豪异能力战斗，就此开幕！
很久之后的未来，人类生活在被岩石隔绝的地带“殖民地”(コロニー)。殖民地外面的未开发地带称为“迷宫”(ラビリンス，Labyrinth)。冒着生命危险去开拓迷宫、标示未开发地带的人，就是“标记者”(マーカー，Marker)。
永远本来与妹妹刹那生活在战国时代的森林中，4岁时森林发生大火，两姊妹失散，永远在寻找刹那的途中遭时代树传送到令和时代，被日暮草太收养。转眼间十年过去，在战国时代担任赏金猎人的诸叶与除妖师刹那，为了拿下妖怪三目上臈互相较劲，却被三目上臈夺去二人分别拥有的珍珠，混战中她们也被时代树传送到现代，永远和刹那重逢，但刹那却因为幻梦蝴蝶的咒术失去对永远的记忆。为了夺回刹那的梦境和记忆，永远跟着诸叶、刹那回到动荡不安的战国时代，展开冒险。
永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。
幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那。永远穿过时代树的穿越时空之隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇的家族日暮家养育长大，成长为精通武道的女中学生。另一方面，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，作为赏金猎人得到了「妖怪杀手诸叶」这一别名，每天都在进行除妖的工作。
自从永远与刹那分离以来过了10年。时代树的穿越时空之隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那不知为何忘记了永远的事情。
包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永远她们这些「半妖的夜叉姬」，开始在现代以及战国时代尽情大闹!
故事的主角群是一群没有过往记忆只知道自己名字的人。自黑暗的地下走出后，面对一个“如同游戏一般”的新世界“格林姆迦尔”。在不清楚自身来历、身置何处的情况下，他们不得已必须加入要塞“欧鲁达那城”的义勇兵团，成为见习义勇兵。主角哈尔希洛和一群与自己境遇相近的角色组成队伍，习得技艺，在这世界唯一的人类王国“阿拉巴吉亚王国”最前线的“边境”求存、奋战。这是一片灰茫中起始的冒险故事，而“活下去一点都不简单”。
主角群们资质平庸，缺乏根基，一切必须从零开始学习与磨练;反观怪物即便是小喽啰，也具备纯熟的武艺与人类般的心机。架构设定上，杀怪取宝卖钱的循环模式，成为主角们支应生活开销的唯一收入来源，他们并无远大志向或神圣使命，亦无不凡身世，一切拼搏冒险，都只为了混口饭吃，改善生活物质。
【终极间谍的天才斗智之战】：在结城中校的力排众议下，日本陆军成立了间谍培训学校“D机关”。在这里，所有成员都被灌输了彻底否定军人信条的三大戒律：“不准死”、“不准杀人”、“不准被抓”。这样的组织自然成为他人的眼中钉，时时腹背受敌；然而“魔王”－结城中校以他犹如魔术师般的高超手腕交出间谍大战的丰厚战果，就连隐身在陆军内部的敌人也被他逐一消灭……从东京、横滨到伦敦、上海，紧张刺激的间谍殊死战，就此展开！
D机关（D機関）
传说中的间谍──“魔王”结城中校在日本陆军设立间谍养成学校兼谍报机关。“D机关”的存在只有极少数陆军高层才知道他们。于昭和12年（1937年）设立。
除结城中校外，无人知道D机关成员的真实身份，连成员自己也都以假名和假经历彼此往来，可说是一群带着假面具过日子的人。成员来自各方，学习各国语言，接受炸药、无线电、开锁、台球、变装等技术训练，甚至包括追求女性的方法，是一群为了国家，带着假面具过日子的人。
陆军内部似乎依旧对设立谍报员培训所一事极为反弹，因而删减原本的预算。这栋建筑是接收昔日陆军使用的老旧鸽舍，加以临时改建而成。后来陆续有人加入或退出，最后留下十二名学生（动画版为八名）。
高中生田中，在日常生活中极力避免麻烦事、爱叹气、总是单手拄著脸，一副快睡着的眼神，基本上也不想努力，跟无法丢下他不管、个头高大且沉默寡言的太田所带来的悠哉缓慢、迟钝且神经大条的青春喜剧。 本作是描述一个懒散却不令人讨厌的田中，以及沉默但爱照顾人的太田两人一段缓和的学园生活故事。
不知从何时开始，各种具有超自然力量的“怪人”不断地出现并造成灾害，为了打击它们，由某富豪所创立的“英雄协会”开始招募全世界的能人异士成为职业英雄与怪人对抗。
故事主角埼玉是一名兴趣使然英雄，因为22岁时打败了怪人‘蟹人’并且拯救了小孩而燃起小时候想成为英雄的梦想，接下来持续三年的每一天不间断地做100下俯卧撑、100下仰卧起坐、100下深蹲和长跑10公里以及和怪人战斗、不断提升战斗力与身体机能，最终打破生物限制器的自我训练而变的强大，在无人知晓的情况下从事英雄的工作。最终掉光所有毛发成为了光头，但也因此获得最强的力量。
埼玉成为了最强英雄后，却因为力量太过强大，没了当初训练期间能打败怪人那激昂的情绪并渴望遇见能与之一战的强大对手。在一连串事件中，埼玉遇见了各式各样的英雄和怪人，收了魔鬼改造人杰诺斯做为徒弟，并加入英雄协会以获得官方认可。与众多英雄一起开始了对抗各种怪人以及灾难的生活。
一日，外星球的暗黑物质首领，全宇宙的霸主‘波罗斯’来到地球想找一个能和自己决一死战的强大对手，埼玉将和他爆发一场惊天动地的大战。
另一方面，英雄协会为了因应“地球不妙了”的末日预言而召开了一场征求高额悬赏犯及犯罪份子共同参与保卫地球及人类免于受怪人毁灭的会议。此时，一名名为‘饿狼’的武术天才现身，声称自己就是预言提到的神级怪人灾害并击败了在场所有的英雄与罪犯，其后饿狼便展开了“英雄狩猎”活动，目标是击败所有的英雄并成为最强的怪人。
与此同时，以‘怪人王远吕智’为首，名为“怪人协会”的怪人集团在一旁虎视眈眈，注意到了饿狼的英雄狩猎活动后打算将其招募为怪人协会干部，并即将向人类社会发动前所未有的战争。兴趣使然的英雄，埼玉与人类怪人饿狼两人之间即将展开价值观冲突的战斗。
剧情是设定
在故事开始前的一百年，巨大的类人生物“巨人”突然出现，毫无理由地消灭大半人类。残余的人类建造了三道同心圆高墙，最外围的是玛丽亚之墙、中间是罗赛之墙、最内侧是希娜之墙，人类怀抱着摇摇欲坠的和平居住在墙内百年之久，许多人在墙内出生长大、不曾见过巨人。这一切在某一天起了变化，一个六十米的超大型巨人突袭并破坏了西干希娜区（玛丽亚之墙外）的城门，而另一个全身覆有似铠甲构造的铠之巨人则打碎了玛丽亚之墙的城门，让一大群巨人得以进入该区。人类被迫放弃了玛丽亚之墙和罗赛之墙间的土地，撤离到内部区域，导致人口变得密集，产生动乱和饥荒。
巨人是巨大的人型生物，身高通常在3至15米之间，他们的外观看似成年人类，不过都没有生殖器。他们似乎不需要食物，但会本能地捕吃人类，却不会袭击人类以外的生物。巨人没有消化系统，他们吞掉人类后，体内的黏液会将之包裹为黏糊糊的球吐出。巨人的皮肤坚硬，能迅速再生，除了后颈这个唯一的弱点以外都难以造成永久伤害。
人类为了对抗巨人而招募了三支兵团：故事的核心放在调查兵团，他们会策马出击，对充满巨人的墙外世界进行调查，试图夺回土地。由于调查兵团的伤亡率极高，但却又鲜能勘查到实质有用的情报，所以经常受到民众的无情嘲讽；第二支是人数最多的驻扎兵团，他们守卫墙内人民的和平；第三支部队是宪兵团，他们负责守卫王室，由于工作相对轻松及安全性较高，导致了腐败和许多政治弊病。士兵使用立体机动装置作为武器，这是一个绑在腰间的多功能装置，能发射钩绳以便在树木、屋顶和墙壁间移动，两侧有鞘放置双刀，主要用于割下巨人后颈致命部位。
墙内的政治实权在王政府身上，国王是没有实权的傀儡，亦存在类似国会的立法机关；而总统则是三个兵团的统帅，代表军方。但是王政府官员和议员都存在腐败问题，同时在议会上亦有部分派别议员反对继续提供资源给调查兵团进行壁外调查。随着故事的进展，傀儡国王以及王政府被推翻，但是实际权力仍在总统和三大军团手上。
故事大纲
《进击的巨人》故事围绕在主人翁艾伦·耶格尔、寄养于他家的三笠·阿克曼，和他们的童年玩伴爱尔敏·阿诺德三人的经历。在保护他们家乡的玛丽亚之墙被“超大型巨人”和“铠之巨人”摧毁后，艾伦亲眼目睹母亲卡露拉被巨人吃掉，立下誓言要杀光所有巨人，而艾伦父亲古利夏从此下落不明。艾伦、三笠及爱尔敏三人随其他难民撤退到罗赛之墙内，之后加入了训练兵团。
墙内篇
托洛斯特防卫战（1~4卷）
第57次壁外调查（5~8卷）
厄特加尔城墙战（9~10卷）
艾伦夺还战（10~12卷）
王政篇（13~18卷）
玛丽亚之墙夺还战（18~22卷）
墙外篇
马莱篇（23~26卷）
帕拉迪岛分裂篇（27~29卷）
地鸣篇（30~34卷）
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。历经每一次的成长，路人开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，路人一直在无意识的情形下压抑著自己的情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，路人体内积累的力量也蠢蠢欲动。
在其心灵导师灵幻新隆的辅导下尝试与自己的力量共存，然而环绕着其超能力，他逐渐认识其他的超能力者、恶灵、各种组织，而周围的人和势力也因为他空前的力量不断地卷入受伤害又得到救赎，在力量和感情的冲突中，他逐渐学会如何和自己的超能力相处，并必须开始在闭锁情绪和能力的选择外，思量如何在危险的世界当中，善用自己的力量与人们共存。