千叶县立总北高中的新生小野田坂道是个热爱动漫、游戏和秋叶原的御宅族。由于在国中时没有遇到同样喜好的同学，所以他打算进高中后一定要加入动漫研究社，不过却因社员不足而中止活动。面对这种状况，坂道因此意志消沉。另一方面，同样是高一新生，国中时活跃于各大自行车比赛的今泉俊辅，某日在训练时见到坂道骑车爬坡的过程，故事从此展开……。
这是一个既非发生在地球上也不是采用公元纪年的故事。故事之始是30年前曾经爆发过大战的世界，由于开发新型兵器而一跃成为军事强国的——格里安共和国，侵略并占领了曾经繁荣非常的——鲁贝尔斯公国，格里安共和国准备以原鲁贝尔斯公国为踏板，逐步推进对莱古兰周边诸国的军事介入。
在原鲁贝尔斯公国的国境内，有一所战前便拥有悠久历史和高素质的教学而闻名的名校——〝CLUSTER－E.A.〞通称Cluster学院，这里的学生都是来自世界各国的精英子弟，尽管鲁贝尔斯公国已经灭亡，但是在学校活跃于各界的毕业生的努力下，学院得以在鲁贝尔斯公国灭亡后继续存在，井保持正常的教学活动。于是在这个为求与世隔绝的象牙塔里，一群从12岁到17岁的学生继续着他们的求学之旅，在与世隔绝的世界中自由的享受着安稳的校园生活，然而外界纷飞的战火还是不可避免的影响着本应平静的校园。
故事之始讲述鲁贝尔斯公国认为人类的生命在战场上互相杀戮而毁灭十分悲哀，因此开发研究能代替其战斗的存在，成功制造出力量超越人类的人造战士，人造战士的存在使战况形成一边倒，但这情况井没有维持很久，格里安共和国开发出专制人造战士的新型兵器——民族炸弹，新型兵器为这场战争划上休止符。
格里安共和国与鲁贝尔斯公国签下和约，并全国发布禁止私造人造战士的规定，战争过后人们遗忘替他们战斗的人造战士，忘记了他们的牺牲，排斥他们的存在。
战后教团在人造战士的工场搜获出一副天使的残骸和一本记载着关于毁灭之神的书籍，教团经过漫长的研究得知制造毁灭之神的方法，他们深信毁灭之神会毁灭世界后化身创造之神再次创造一个美好的世界。教团在穆拉斯柏库的人造战士工场偷偷培殖‘毁灭之神’，可在培殖中工场被人造战士破坏，在容器内培殖中的‘毁灭之神’——阿加特亲眼目睹杀戮的发生，因为精神受刺激迫使力量失控化身‘毁灭之神’，没法自控的阿加特不断破坏城市；这时候遇上人造战士的人权拥护运动的指标——卡鲁塞德尼·莱尼埃鲁，因为卡鲁塞纯洁的心所以阿加特的攻击对他并没有用，卡鲁塞的心吸引著阿加特，神冰冷的指尖探索著卡鲁斯的心，阿加特从卡鲁斯的身上取出卡鲁斯儿时美好的记忆，如复制般阿加特继承了卡鲁斯的记忆，卡鲁斯的记忆使毁灭之神变得不完整令阿加特成为了不完整的人类。
阿加特把卡鲁斯的回忆当成是自己的记忆，并把卡鲁斯当成是自己的哥哥，在卡鲁斯离开后阿加特亦从教团失去踪迹。
在这段不安的时期里，一位名叫阿加特·弗洛莱特的少年转入各国的名家子弟的名校——〝CLUSTER－E.A.〞。他特有的直率性格、那前所未闻的行动和单纯天真的笑容，像一阵清新的风吹入了向屈服于既定未来的优等生白瑞、有钱少爷的溤和最后生产的人造战士酷洛姆等人对将来迷茫的心中。不仅如此，阿加特有着一个连自己都不知道的出生秘密，还拥有着从出生起就有的引发奇迹的神奇力量……
仁岁千岁（岸尾大辅 配音）自幼失去了父母，在孤儿院里长大，成人后，他住进了父母留给自己的房子里。偌大的屋子内，常年只有他一个人在走动，这份孤独狠狠侵蚀着他的内心，让他常常处于孤独之中。
某日，五名个性迥异的老师们住进了千岁的房子里成为了千岁的房客。情绪波动非常大的爱哭鬼一文字睦月（浅野琉璃 配音）、沉默寡言面无表情的二之舞如月（木村亚希子 配音）、身为保健老师同时也是剑道高手的三世院弥生（井上喜久子 配音）、个性开朗充满了活力的四天王卯月（古山贵实子 配音）和运动健将五箇条五月（笹岛芳 配音），这五位老师的出现带给了千岁人生新的希望。
无印
一支企图征服海洋的民族——帕哒拉萨族，原本被亚夸·蕾吉娜女神封印在海底，但此道封印在某日遭解除，之后该族首领卡酷特（凯特）及其手下接连侵略了印度洋、南太平洋、南大西洋、北大西洋、北极海等美人鱼王国，并掳走其中几位美人鱼公主。
主角七海露西亚是来自北太平洋王国的美人鱼公主，为了救活一个男孩而将自己的真珠给了他。七年后，她为了寻回真珠而来到陆地，并再次遇上了这位男孩——堂本海斗，但如果直接告诉海斗她真正的身份，就会化为泡沫，因此她努力的要让海斗察觉。露西亚也遇上了因王国被侵略而在陆地流亡的南、北大西洋的美人鱼公主——宝生波音和洞院丽娜，为了恢复海洋世界的和平，她们必须聚集七位美人鱼公主，让亚夸·蕾吉娜女神得以重生。在找寻其他公主的过程中，她们利用真珠的力量，用歌声对抗敌人；然而，她们后来发现了一位消失的美人鱼公主与海洋世界纷乱的关联，且海斗的身世也藏着不为人知的秘密……
Pure
在结束了与卡酷特（凯特）的战役之后，露西亚、波音与丽娜以外的美人鱼公主们各自回到自己的祖国重建家园，海斗也决定前往夏威夷寻根，与露西亚约定后会有期。但原本平静的海洋中，却突然出现了一位叫“美克尔”的神秘人物，让海底世界蒙上一层诡异气氛，同时也传来海斗失踪的消息……
aqua
剧情设定主角为露西亚的女儿，七海露琪亚。
冢本天满(小清水亚美 配音)是一名个性迷糊的高中生，她的性格向上生活也充满了欢乐。只是，单纯的天满心里有一个名叫乌丸大路(小西辽生 配音)的暗恋对象，这让乐观的她偶尔的有些苦恼。乌丸大路顶着西瓜头，成绩优秀运动万能，可是看似完美的他却有着怪异的行为和只属于自己的秘密，身患绝症的他即将不久于人世。外表狂野个性粗暴的播磨拳儿(高桥广树 配音)内心有着柔软天真的一面，这一面的名字叫做天满，可是天然呆的天满似乎从未注意到过他的感情。当他鼓起勇气对天满表白时候，出现在眼前的女子，却是个性直爽的学院偶像泽近爱理(堀江由衣 配音)。面对播磨火辣的表白，泽近爱理的心里产生了异样的感情。
在矢神高中里，迷糊而快乐的校园生活每日都在上演。
人物关系图
矢神高校
本作品的其中一个主要场景矢神高校，位于矢神市，于1902年创校，是主角们就读的学校，每年级共设6班，总共18班，此作品的背景集中于2-C班内的人物，设有新旧校舍、体育馆及游泳池各一。此外还有一个洋馆，茶道部就在这里活动。
开始转动的齿轮，打开了命运与秘密的门扉……
名门私立黑主学园分为日间部和夜间部，然而夜间部里美形的学生们实际上全部是——吸血鬼。
主人公优姬(其实自己也是吸血鬼)小时候被吸血鬼袭击，为玖兰枢所救，因为她的妈妈为了保护她而消除其记忆，因此失去了5岁前所有的记忆，也忘记自己本是吸血鬼的事实，然后把她送到黑主(本是吸血鬼猎人，后来成为黑主学院的理事长)的家里。自那时起优姬便将枢视为救命恩人，憧憬着对方。而枢对待优姬也是特别的温柔。
一方面，身为吸血鬼猎人一族的锥生零，四年前由于家族被吸血鬼杀害而被学园收留。零与受伤的优姬如同家人般长大，但零却有着连优姬都不能说的秘密……知道夜间部秘密的零与优姬受命于理事长，担任学园的风纪委员和保护者，为处理两者之间的问题日夜连续活动着。然而某一天，零却成为吸血鬼，袭击了优姬并吸了她的血。
四年前的那天，零也受到了纯血种的吸血鬼的攻击，虽然至今为止一直拼命抵抗着自身的吸血鬼化，但最终还是变身成为了吸血鬼。虽然很震惊，优姬还是做出了决定，把自己的血给零。纯种吸血鬼夜间部的君主枢的目的是?悲惨的被撕裂的零的命运是?优姬所失去的过去是?玖兰枢是优姬的谁?层层谜团包围着的是?优姬会选择跟谁在一起?
神因为觉得创造生物太麻烦，便将此环节交给设计部门代工生产。神会简短叙述希望创造的生物，而设计部的员工开会并提案讨论，再交付工程师试着执行。工程师可能会以不符合物理法则或不符生物机制为由驳回，最终采用的方案都是现实中具有的生物。设计师之间也会彼此竞争，设计出各种具天敌关系的生物，进而产生食物链。
作品以科学普及的方式讲述生物学知识，同时提及商业设计面对客户要求时遭遇的困境。
小森唯听从父亲暂时寄宿远房亲戚家，却发现她的亲戚其实是“吸血鬼”，她必须和六个性格糟糕的兄弟同住，照着他们的夜间作息生活，并一同到“岭帝学院高中”上课。每天过得胆颤心惊、随时都有可能被吸血的她，是否能保有自身的信仰并活下来?
第一季封面
游戏初作可攻略角色为逆卷家六兄弟，二作‘More Blood’版本增加无神家四兄弟，三作‘Dark Fate’版本增加月浪兄弟，‘Lost Eden’增加基诺后，可攻略人数高达13人。
每代游戏的每位角色皆有“Burto End”(坏结局)、“Manservant end”(较“Burto End”稍好的坏结局)、“Vampire end”(最佳结局)。
故事讲述主角桃园奈奈生沉迷赌博的父亲突然人间蒸发，主角被讨债的人上门赶出家。走投无路的桃园奈奈生，在那时拯救了被狗追赶的软弱男子。男子得知奈奈生的境况后，突然说出“把我的家转让给你吧”的话。虽然奈奈生感到难以置信，但还是半信半疑地跟着去。但目的地竟是一间荒废了的神社。那个软弱的男子身份更是一名离家出走的土地神--御影。作为神社转让的代价，奈奈生接受御影提出的条件，为后者担任代理土地神的职责，管理御影的辖区兼聆听实现信众的愿望。随着奈奈生成为新任代理土地神，面对各种妖怪和神祇引起的诸类事件，她的心智历练随之成长，还和担任神使的狐神使巴卫结下不解之缘。生活亦从此产生巨幅的变化……。
在名叫小孩之家的孤儿院生活的伊达 直人，因在动物园内和三个中学生打架就被摔角组织虎之穴挖角。但原来虎之穴只训练邪恶摔角手，直人则做每天都有可能会死的训练，不希望再有孤儿有跟自己一样的经历。他在完成训练后用虎霸王的身份参加比赛，希望能把一部分收入寄给孤儿院，但虎之穴有规定摔角手要把一半收入上交。后来直人知道小孩之家有了财务危机，而上纳后余额不足帮助孤儿院就决定离开虎之穴。但这做法令虎之穴本身不满意，所以将其视为叛徒的虎霸王不停派出刺客在摔角场上激战。
初代虎面人伊达直人所留下的虎面人遗产，被新的摔角手们继承……!与复活的组织·虎之穴所展开的新战斗传达到了现代!现代的虎面人有两人!?主人公是“东直人”“藤井拓真”两名年轻的摔角手。他们是职业摔跤小团体“Jipang职业摔角”的练习生，但“Jipang职业摔角”被恶质的职业摔角团体“GWM”击溃了。为了复仇，直人在富士的裾野接受了训练成为“新虎面人”，另一方面拓真则进入了“虎之穴”，成为了“黑暗之虎”。“光之虎”与“暗之虎”，等待着两人的战斗与友情将去往何方!?